Odjel za pedijatriju osnovan je 1963 godine. Osnivač i prvi voditelj bio je prim. dr. Velimir Mihailović, spec. pedijatar. Njegovim odlaskom u mirovinu 1991. godine, voditeljicom odjela postaje mr.sc. Vesna Bosanac, spec. pedijatar koja početkom Domovinskog rata postaje i ravnateljica vukovarske bolnice. Kroz 100 dana neprekidnog granatiranja u okruženju grada je ostalo oko 2000 djece. U ratu u Vukovaru je poginulo 8 djece, 43 je ranjeno.
U razdoblju od 1991.-1997. liječnici odjela rade u progonstvu u različitim gradovima Republike Hrvatske da bi se 1997. godine konačno vratili u svoj grad i tada voditeljicom odjela do 2015. godine postaje dr. Goranka Muharemagić-Njegić, spec. pedijatar koja je iz pepela ponovno podizala odjel koji je i danas na ponos svima, temeljito preuređen i prilagođen suvremenim zahtjevima liječenja djece, opremljen najsuvremenijom opremom te didaktičko-pedagoškim materijalom za što humaniji pristup bolesnom djetetu. Na Odjelu su tada radili i pedijatri dr. Branka Šipek i dr. Davor Bandić, a kasnije dr. Vladimira Barna, dr. Ana Perković, dr. Pavica Mojzeš-Wagenhofer. Od 2005. godine dr. Željka Nakić Merki, dr. Jasminka Radošević, dr. Iva Sekereš, dr. Nataša Šarlić, te dr. Nataša Šarčević i dr. Ivana Ozdanovac. Od 2015. do rujna 2022. voditelj odjela je bio dr. Davor Bandić, kada to mjesto preuzima dr. Željka Nakić Merki.